【研究用】口内フローラ試験・解析サービス
COMA Proは口腔内常在菌を網羅的に分析するサービスです
【特徴】
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口腔内細菌の検査キットと次世代シーケンサーによる実験及びデータ解析をパッケージにしたサービスです。
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１検体より実施可能です。
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種レベルでの解析を基本としていますので細菌が細かく区別できます。
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開発目的だけでなく、論文投稿や臨床試験にも対応可能です。
▶キット
唾液採取キット、ペーパーポイントを準備しています。どれぞれの特徴はお問い合わせください。動物用には綿棒キットを準備しています。
▶実験
検体を頂き、DNA抽出を行い次世代シーケンサーで16srRNA遺伝子の配列を特定します。
フローラ解析には、メタゲノム解析の手法を利用しています。細菌が共通で持つ16s rRNA遺伝子の一部領域をPCRで増幅し、どのような細菌が存在するかを調べる手法で、当社ではV1からV9領域までをほぼ網羅したプライマーを利用していますので、正確に種レベルまで分類できます。
ITS領域を利用した真菌での実験と解析も可能です。
▶データ解析
本試験サービスの最も大きな特徴です。当社が開発したMetagenome@KINを利用しています。
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データ解析は、NCBI Microbial16s を用いた約16000種類の菌データベースを用いた解析を実施します。
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データ解析や統計処理は目的に合わせた手法を利用させていただきます。
Metagenome@KINは製薬会社の腸内細菌解析のために開発され、その後多くのユーザー様が利用し、論文に置いても利用実績の多いソフトウエアです。
多数の論文で実績のあるMetagenome@KINによる解析で、種レベルまでの全ランクを一度に解析します。
▶基本解析と提出レポート
お打ち合わせの内容で解析します。
多検体でのご依頼では以下の解析が最も一般的です。
•グループ間比較
•Before/After解析
•有意性の高い菌の検出
•多様性の解析
・報告書(PDF)
実験方法の詳細、高占有率を示すもしくは群間で有意な差のあった菌の説明
・数値データのご提供
エクセルファイル(Species/Genus rank)
占有率％で菌種ごとの占有率を表にした解析データ。種および属レベルで群間で差のある菌がいるのか探す。
有意差検定やオッズ比などが標準
・Metagenome@KINでの解析データ
解析したデータはレポートとともにブラウザで参照可能なファイルを同梱して返却
Metagenome@KIN解析データフォルダに含まれる解析結果
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Bar Chart
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Pie Chart
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Sun Burst Chart
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PCA解析
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PCoA解析
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SOM解析
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多様性解析
・シーケンスデータ
fastq形式のファイル
【お見積りからレポートまで】
1. お打ち合わせ
目的などご相談ください。
経験に基づき、最適な実験計画をご提案します。
2. 発注
ペーパーポイント、もしくは唾液の採取キット、動物試験では綿棒など準備しています。
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１サンプルから受け入れていますので、どんなものかを見たいときもご利用いただけます。
3. 採取した検体の返送
キット同梱の封筒を利用するか、クール便で送付してください。
お打ち合わせ時に提案をさせていただきます。
4. 解析レポートの返却
お打ち合わせ時の内容に従って解析レポートを作成します。
検体到着後、解析内容にもよりますが、約１ヶ月程度頂いております。
【口内フローラ試験利用の目的】
口内フローラ分析は、プロバイオティクス、プレバイオテクス、医薬品の開発や効果の検証など、さまざまな目的で利用されています
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口腔内に常在するバクテリアと肌の状態、健康や疾患の関係は、まだまだ解明されていない点も多々ありますが、ある程度の疾患リスクなどの知見も多く見られています。口内フローラ分析は、様々な健康状態を特定着目菌株や多様性でモニターできると考えています。
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ケア用品、サプリメント利用ののBefore/After、歯周病原因菌の究明と対策方法の研究開発、医薬品の研究開発などさまざまな目的で利用できます。
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インプラント・歯周炎の検査
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歯周病治療前後の比較
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食品・飲料・サプリメントなどの効果の検証
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治療効果の検証
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口腔ケア商品の開発
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全身疾患との関連細菌の解析
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口内フローラバランスの分析
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細菌・真菌の同時解析
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口腔内・腸内細菌の同時試験
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薬剤の開発
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臨床試験
【オプション】
真菌（ITS領域）の解析、定量PCR、高度な統計、物質探索など
▶多く利用されるオプション
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真菌での解析
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総菌量の測定
▶定量PCR試験
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P.gingivalis
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T.forsythia
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T.denticola
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P.intermedia
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F.nucleatum
▶データ解析
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真菌（ITS領域）の菌種同定と菌叢解析
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他の測定器データとの相関解析
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菌の機能調査
▶物質探索
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菌の阻害物質、代謝物質の調査
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タンパク質、化合物の相互作用調査
【２種類の研究用試験サービスについて】
▶COMA Pro
網羅的試験：口腔内で検出されるすべての細菌を対象とした試験や動物試験に最適
製品開発・臨床試験など
▶COMA Pro light
口腔内で主に存在する細菌を対象とした試験
ケア用品などの開発で、歯周病など口腔ケアを目的としたBefore/After試験に最適
【基本解析例】
Metagenome@KINでの解析イメージの一部分を紹介します。具体的な事例についてはお問合せしていただきますとZOOM等で説明させていただきます。
▶サンプルごとの棒グラフで分布を視覚化 (Bar Graph）
サンプルを並べ、視覚化することで表現型によっての違いが明らかになります。
▶主成分分析による視覚化と要素となる細菌の決定
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主成分分析の結果をプロット図として出力します(2D, 3D)
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サンプル間で変動の大きい（＝分散が大きい）菌から主成分を設定し、サンプルの特徴として用いることで集団の形成を観察します。
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歯周炎治療前のサンプルと治療後のサンプル間で主成分分析のプロット位置が大きく二つに分かれた例です。
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各成分の要素となる細菌のリストが提案できます。
▶多様性分析(Diversity）とパイチャートによる視覚化
多様性指数として、Simpson's IndexとShannon Entropyを利用しています。
Before/Afterや表現型グループなどの群ごとに多様性指数を算出します。
▶有意差検定・群間比較
Before/Afterや各種背景情報の違いによって分けられた検体群の細菌の占有率を利用して、群間比較や有意差検定を実施しています。
打ち合わせ時に決定して、結果はExcelでの返却となります。